在三叠纪之后,恐龙的演化随着植被与大陆位置的改变而变动。在三叠纪晚期到侏罗纪早期期间,各主要大陆连接成盘古大陆,但当时盘古大陆已有分裂的征兆。这段时间的恐龙动物群主要由肉食性的腔骨龙超科、植食性的早期蜥脚类所构成。裸子植物(尤其是松柏目),在晚三叠世开始辐射演化,是当时的可能食物来源之一。早期蜥脚类恐龙的颌部只能撕咬下树叶,并不能做出复杂的嘴部动作,因此必须要借由其他的方式协助磨碎食物。
恐龙动物群维持了一段同质性,直到侏罗纪中到晚期,此时的掠食性恐龙开始多样化,例如角鼻龙类、斑龙超科、肉食龙下目,植食性恐龙则有剑龙亚目、体型巨大的蜥脚下目。这段时间的著名地层有:北美洲的莫里逊组、坦桑尼亚的敦达古鲁地层、中国的大山铺组。此时的中国地区,也呈现出多样性的恐龙,例如中华盗龙科、颈部极长的马门溪龙科。甲龙亚目与鸟脚亚目开始普遍,而早期蜥脚类恐龙则已灭绝。松柏类与草本蕨类是侏罗纪最普遍的植物。蜥脚下目恐龙与早期蜥脚类恐龙类似,嘴部无法做出复杂的动作。鸟脚类恐龙则发展出不同的处理植物方式,例如可将食物置在嘴中的两侧颊部,以及类似咀嚼的颌部动作。这段期间的另一个重要演化事件是鸟类的出现,它们是从虚骨龙类的手盗龙类演化而来到了白垩纪早期,盘古大陆持续的分裂成各陆块,恐龙变得更多样化。甲龙类、禽龙类、腕龙科散布于欧洲、北美洲、以及北非。稍后,大型兽脚亚目恐龙,例如棘龙科、鲨齿龙科,以及蜥脚下目的雷巴齐斯龙科与泰坦巨龙类,占据者非洲与南美洲。
恐龙演化及地理分布
在亚洲,手盗龙类的驰龙科、伤齿龙科、偷蛋龙下目成为常见的兽脚类恐龙,甲龙科与早期角龙亚目(例如鹦鹉嘴龙科)则是该地常见的植食性动物。在同一时期,澳洲则生存者原始的甲龙类、棱齿龙类、禽龙类。剑龙类则在白垩纪早期到白垩纪晚期之间灭绝。白垩纪早期发生了一件重大演化事件,开花植物出现在北美洲,并在白垩纪晚期扩散分布。数群植食性恐龙发展出不同的方式以协助进食。角龙类发展出切割用的喙嘴,后方有众多咀嚼用齿系;禽龙类也独自演化出咀嚼用齿系,并在鸭嘴龙科发展到极致。少部分蜥脚类恐龙也演化出齿系,雷巴齐斯龙科的尼日龙是最明确的证据。
白垩纪晚期的恐龙通常分为三个动物群。在北半球的北美洲与亚洲,兽脚类恐龙主要有大型的暴龙科、以及众多的小型手盗龙类恐龙,优势植食性恐龙则由鸭嘴龙科、角龙亚目、甲龙科、厚头龙亚目所构成。南半球的冈瓦那大陆持续分裂中,阿贝力龙科是优势兽脚类恐龙,泰坦巨龙类则是优势植食性恐龙。在欧洲,凹齿龙科、结节龙科、泰坦巨龙类则是常见的恐龙。开花植物更为辐射演化,第一批禾本科(草)植物出现在白垩纪末期。鸭嘴龙科与甲龙亚目在北美洲、亚洲发展至极度多样化。兽脚亚目也演化出植食性或杂食性的物种,镰刀龙超科与似鸟龙下目更为常见。
白垩纪-古近纪灭绝事件发生于白垩纪末期,接近6550万年前,造成所有非鸟恐龙的灭绝。但仍有其他双孔动物在灭绝事件中存活下来,例如:鸟类、鳄鱼、蜥蜴、蛇、喙头蜥、龟鳖类以及离龙类